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DIA蛋白质组学

DIA蛋白质组学
4D-DIA定量蛋白质组学
Label free 蛋白质组
TMT
iTRAQ
4D-label free 定量蛋白质组学

DIA(data-independent acquisition,数据非依赖性采集)技术是近年来发展起来的一种新的质谱技术,属于非标记蛋白质组学方法。采用数据非依赖性扫描模式:将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,然后对每个窗口中的所有离子进行检测、碎裂,从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的信息。从而降低样本检测的缺失值,同时提高定量准确性和重复性,实现大样本队列中高稳定,高精准的蛋白质组定量分析。 与DDA技术相比,DIA技术的优势包括:(1)采集所有的离子信息,实现更高的数据覆盖度;(2)减少采集的随机性,实现极高的检测重现性、稳定性;(3)采用碎片离子定量,定量精密度、准确性、线性范围大大提高。基于上述技术优势,DIA技术尤其适用于大规模样本的高度覆盖、稳定和可追溯地分析。

实验流程:

备注:DIA与常规定量蛋白质组的最大不同之处在于“谱图库(spectral library)构建”,即DIA在进行样本检测之前,建议先进行建库操作。质谱对蛋白质肽段的鉴定,基于一级信号和二级图谱:在常规蛋白质组的扫描模式下,1张二级图谱几乎仅来自于1个一级信号;而在DIA全扫描模式下,1张二级图谱是一个混合图谱,来自于多个一级信号。通过建库方式进行精确匹配,可提高鉴定准确性,降低匹配难度。

技术优势:
应用方向:

DIA专为大样本量分析应用而生:


◆ 疾病精准分型、品系研究比较:DIA实现更加准确的定量结果,从而更精确反映疾病亚型、品系间的差异;


◆ 生物标志物发现:DIA接近MRM的定量能力,实现标志物筛选与初步验证过程合二为一;


◆ 生物样本信息库构建:DIA可实现生物信息的完整保存,为后续回溯分析提供保障。



◆ 全扫描模式:数据非依赖性采集模式,大大减少高丰度干扰,全面采集高低丰度信号。数据覆盖度提高近40%;


◆ 超高重现性、稳定性:大样本鉴定重复率提升近40%,定量精密度提升近1倍;


◆ 超高定量准确度:定量能力接近金标准SRM/MRM靶向技术。



推荐产品组合:

(1)临床大队列研究“黄金”联合:DIA蛋白质组+DIA磷酸化蛋白质组

(2)标志物研究“一站式”解决方案:DIA蛋白质组+PRM

据分析:


标准数据分析内容

鉴定结果统计与分析

样本蛋白质及肽段鉴定柱状图、PCA分布图、定量差异统计分析

生物信息学分析

GO及GO富集、KEGG及KEGG富集分析、PPI互作网络与module分析

差异上下调蛋白KEGG蝴蝶图、KEGG通路功能归属等

高级数据分析内容

标志物筛选

集成机器学习、LASSO回归分析、标志物panel、ROC分析

分子分型分析

无监督聚类分型分析、蛋白质组+转录组联合分析、激酶分析

临床表征与组学结果联合分析

疾病相关功能模块分析

WGCNA共表达分析

生存曲线分析

临床分型与生存曲线分析